Župnija Sečovlje povezuje prebivalce v Sečoveljski dolini, ob Sečoveljskih solinah, v naseljih Dragonja (zahodno od glavne ceste Koper – Dragonja), Sečovlje, Parecag in Seča in je kot taka soseda župnij Lucija, Strunjan, Izola, Korte, Krkavče in Kaštel.
Krščanske skupnosti so na ozemlju današnje župnije živele že v prvem tisočletju, prve znane omembe cerkva pa so iz 13. stoletja (omemba cerkve sv. Odorika iz leta 1290).
Koprski škof Pavel Naldini okrog leta 1700 omenja šest cerkva: sv. Urha, sv. Petra, sv. Martina, sv. Križa, sv. Jerneja in sv. Marije. »Če se ob povratku v Sečoveljsko dolino, od koder smo odpotovali, zdaj sprehodimo vzdolž Krasa in se odpravimo vse do konca doline, naletimo na skupino treh cerkva, posvečenih mučencu sv. Urhu, apostolu sv. Petru in škofu sv. Martinu. Prva je večja od drugih dveh, vse pa imajo podobno opremo in so pod neposredno upravo piranske kapiteljske cerkve, čeprav verske potrebe okoliškega prebivalstva pogosto zahtevajo takojšnjo duhovno pomoč kurata iz Kaštela, oddaljenega približno dve milji. Če se pri našem obhodu Sečoveljske doline obrnemo na levo, bomo po cerkvah sv. Križa in sv. Jerneja, ki sta ne tem območju, naleteli še na … cerkev sv. Marije v Seči, ki je med najstarejšimi, saj so odkrili, da jo je 14. aprila leta 1320 slovesno posvetil Tomaž Contarini.« (Pavel Naldini, Cerkveni krajepis ali opis mesta in škofije Justinopolis ljudsko Koper, Koper 2001, str 229).
Od omenjenih cerkva še vedno stojijo tri: cerkev sv. Martina v Sečovljah (župnijska), sv. Jerneja v Seči (podružna) in sv. Križa na Parecagu.
Področje sedanje župnije je najprej spadalo pod župnijo Piran. Z veliko prenovo cerkve sv. Martina poleti leta 1832 (napis nad vhodom v cerkev) so se že začele priprave na samostojno kaplanijo. Dne 6. maja 1894 so Sečovlje z odlokom Škofije Trst-Koper postale samostojna kaplanija s stalnim kaplanom v okviru župnije Piran.
Druga velika obnova cerkve sv. Martina leta 1929 je napovedovala ustanovitev nove župnije. Tržaško-Koprski škof Antonio Santin je z odlokom 29. junija 1940, na praznik apostolov Petra in Pavla, iz kaplanije ustanovil novo župnijo sv. Martina Sečovlje.
V župniji je bil od leta 1860 benediktinski samostan, povezan z Dajlo v Istri in Praglio v Italiji. Dne 11. novembra 1947 je tedanja oblast benediktince izgnala in pokradla samostan in cerkev sv. Onofrija. V prvih desetih letih po koncu druge svetovne vojne je župnijo zapustilo veliko italijansko govorečih prebivalcev, v te kraje pa so se priselili ljudje iz Istre, Slovenije in Jugoslavije.
V župniji so svete maše ob nedeljah in praznikih v cerkvi sv. Martina v Sečovljah in v cerkvi sv. Jerneja na Seči, ob delavnikih pa ob torkih v Sečovljah in ob petkih na Seči, dvakrat na leto pa tudi v cerkvici sv. Križa na Parecagu.
Verouk je v župnišču v Sečovljah.
V župniji deluje pevski zbor in skupina Karitas.
»Živo občestvo je vsaka župnija, v kateri se ljudje med seboj razumejo, si pomagajo in radi skupaj častijo Boga.« (Pridite in poglejte, Ljubljana 2012, točka 80)
